Начало становления и развития предприятия было положено в 1963 году, когда приказом министра среднего машиностроения Ефима Павлович Славского от 13 марта 1963 года была образована в составе ВНИИ химической технологии (ВНИИХТ) лаборатория №36, на которую были возложены задачи по разработке технических средств охраны (ТСО) и координации работ в этой области в системе МСМ.

Лаборатория в составе десятка выпускников Московского энергетического института, Московского инженерно-физического института и института связи уже через год представила ряд лабораторных макетов сигнализационных датчиков различного принципа действия, которые демонстрировались на выставке в министерстве и устанавливались на пробную эксплуатацию на многих объектах.

В 1966-1967 годы началось серийное производство нескольких типов новых датчиков для охраны периметров и помещений объектов, были созданы системы сбора и обработки информации, началось широкое оборудование объектов атомной
промышленности.

В апреле 1968 года во исполнение постановления руководства страны на базе лабораторий ВНИИХТа и Пензенского приборостроительного завода были созданы
спецотделы по разработке систем сигнализации для охраны государственной границы, закрытых зон, периметров, зданий и помещений с максимальным учетом требований пограничных войск и других служб КГБ СССР.

В октябре 1976 года руководство страны приняло постановление о возложении на Минсредмаш функций головного министерства по разработке и поставке технических средств охраны для КГБ, а затем и некоторых управлений Минобороны во исполнение которого в центральном аппарате Минсредмаша было создано Специальное техническое управление (СТУ) для централизованного планирования и руководства работами по созданию и внедрению ТСО в охрану государственной границы и особо важных объектов.

В 1977 году на базе СКБ ВНИИХТ был создан Всесоюзный научно-исследовательский институт физических приборов (ВНИИФП), а спецотдел ППЗ преобразован в
специальное конструкторско-технологическое бюро (СКТБ).

К концу 70-х началу 80-х годов во ВННИФП и СКТБ сложился коллектив специалистов-профессионалов, располагающий современной исследовательской и
научно-производственной базой, несколькими филиалами и испытательными полигонами с общей численностью около 3000 человек. Таким образом, к середине 80-х годов вопросы создания и использования ТСО в системе Минсредмаша получили самостоятельное научно-техническое и производственное направление, содержание и объемы работ которого определялись государственными целевыми программами и заданиями.

В 1989 г. в соответствии с решением Правительства СССР (приказ Министра атомной энергетики и промышленности СССР от 07.12.1989 года № 040) на базе Специального технического управления 2 Главного управления Минсредмаша, Всесоюзного научно-исследовательского института физических приборов (ВНИИФП) Минсредмаша и его филиалов для решения задач по разработке технических средств охраны и оснащению ими объектов атомной промышленности и других важнейших государственных объектов было образовано Федеральное государственное унитарное предприятие Специальное научно-производственное объединение "Элерон" (ФГУП "СНПО "Элерон").

Постановлением Правительства Российской Федерации от 15.09.93 № 911-50 СНПО "Элерон" назначено головной организацией по созданию и оснащению техническими средствами безопасности особо важных объектов Минатома России, Минобороны России (Ракетные войска стратегического назначения, Космические войска, 12 ГУМО, ВМФ), ФСБ России, ФСО России, СВР России, правительственных, административных зданий и
крупных промышленных объектов (РАО ЕЭС, нефтегазохимический комплекс и др.).

В октябре 2007 году Распоряжением Правительства Российской Федерации №1372-р от 9 октября 2007 года федеральному государственному унитарному предприятию «Специальное научно-производственное объединение «Элерон» присвоен статус Федерального центра науки и высоких технологий.